Нашел для себя механизм, как в консольном emacs назначить действие на escape последовательность. Оказалось, что для этого достаточно добавить в настройки строчку вида:
(global-set-key (kbd "escape-sequence") 'do-something)
Чтобы узнать escape-sequence какого-либо сочетания клавишь, можно использовать команду quoted-insert, или 'C-q some-key'. Например, у меня получилось:
(global-set-key (kbd "^[[3;5~") 'backward-kill-word)(global-set-key (kbd "^[[9;3~") 'kill-word)